2016年3月24日木曜日

Google Compute EngineでRStudio Serverを動かす

RStanで3日以上かかる分析をしておられる小杉先生のご要望(?)にお応えして，IaaSの一種であるGoogle Compute EngineでRStudio Serverを動かしてみました。

前準備

アカウントをセットアップし，[VMインスタンス]から[インスタンスを作成]に入ります。[マシンタイプ]がバグってるっぽいので[カスタマイズ]をクリックし，コア数とメモリをキーボードから入力します。私は[コア数]を8 vCPU，メモリを16GBにしました。
[ブートディスク]の[変更]をクリックし，[事前設定されたイメージ]から[Ubuntu 14.04 LTS]を選択しました。デフォルトのままDebianでもよいのでしょうけど，Ubuntuが一番慣れているので。あとはそのままにしておいて，[作成]をクリックします。
左上のハンバーガーメニュー([三])をクリックし，[ネットワーキング]→[ファイアウォール ルール]をクリック。[ファイアウォール ルールを作成]をクリックし，次のように入力して[作成]をクリックします:
  • [名前] -> rstudio
  • [ソース IP 範囲] -> 0.0.0.0/0
  • [許可対象プロトコルとポート] -> tcp:8787
ハンバーガーメニュー([三])から[Compute Engine]に戻りましょう。先ほど作成したインスタンスがすでに起動していると思うので，[接続]列の[SSH]をクリックします。ブラウザー上でサーバーにログインできます。

最新のRをインストール

CRANから最新のRをインストールします。まずsources.listを編集します。最初の$マークは入力しません。
$ sudo nano /etc/apt/sources.list
一番最後の行に，次のように入力します:
deb http://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu trusty/
[Ctrl]+[O]で保存し，[Ctrl]+[X]で終了します。そして次のように入力してRをインストールします。
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install r-base

RStudio Serverをインストール

RStudio Serverのページにしたがって，64bit版のRStudio Serverをインストールします。2016年3月24日現在では次のように入力します:
$ sudo apt-get install gdebi-core
$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.99.893-amd64.deb
$ sudo gdebi rstudio-server-0.99.893-amd64.deb
“Do you want to install the software package? [y/N]:”と尋ねられますので[y]を入力し，[Enter]を押します。

アカウントを作成する

RStudio Serverで使用するアカウントを作成しておきましょう。
$ sudo adduser rstudio
パスワードの入力を2回求められます。パスワードの文字列は表示されません。その他，[Full Name]や[Room Number]などを求められますが，何も入力しないまま[Enter]キーを押していって構いません。
以上でRStudio Serverを使う準備が整いました。

RStudio Serverにアクセスする

ブラウザーに戻り，[外部 IP]列のIPアドレスのリンクを右クリックして[リンクのアドレスをコピー]しましょう。新しいタブまたはウィンドウを開いてアドレスバーに貼り付け，末尾に”:8787”をつけて[Enter]キーを叩きます。
URLの入力
次のようなログイン画面が表示されたら，先ほど作成したアカウントの情報でログインします。
RStudio Serverへのログイン画面

Have fun!

あとはデスクトップ版のRStudioと使い方は同じです。このスペックだと，RStanがけっこうな速度で動作するようです。
CPUがたくさん計算してtopの出力とか眺めるの楽しい！！✌(‘ω’✌ )三✌(‘ω’)✌三( ✌’ω’)✌
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